وظل مدفوناً هناك إلى أن أوحى الله إلى نبيّه موسى عليه السلام حين خرج من مصر ببني إسرائيل أن ينقل قبر سيّدنا يوسُف إلى بيتِ المقدسِ عند آبائه، ولم يكن يعلم موسى عليه السلام مكان دفنه فقيل له إنّ عجوزاً من بني اسرائيل تعرفُ مكان دفنهِ فلجأ إليها ليسألها فأجابته بعد أن أخذت منه موثقاً بأن يدعو لها موسى الله بأن تكون رفيقته في الجنة وبالفعل قال الله تعالي لموسي اعطي لها طلبها اي ان الله تعالي موافق ان تكون هذه المرأه رفيقتك في الجنة
فدعا نبي الله لها بذلك فأعلمته بأنّ قبر يوسف عليه السلام في صندوق في النيل،
فاستخرجه سيّدنا موسى من النيل وأخذه معه لبيت المقدس ودُفن بجوار أبيه يعقوب وجديه إسحاق وإبراهيم عليه السلام في مدينة الخليل، وفي روايات أخرى أنّه دُفن في مدينة نابلس في فلسطين. وأشار بعض المؤرخين والباحثين من أنّ مكان دفن سيدنا يوسف عليه السلام لازال في مصر في مصر في نهر النيل، والمعلوم عند الجميع بأنّه لايوجد قبر نبي من أنبياء الله معروفٌ مكانه وتتعدد الروايات والقصص الكثيرة حول أماكن دفنهم عليهم السلام ما عدا قبر النبي محمد عليه الصلاة والسلام، والله تعالى أعلي وأعلم. حرف واحد كافي لإثبات اهتمامك بما ننشر اذا اتممت القراة علق ب لا إلهَ إلاّ الله محمد رسول اللهفإنها أثقل فى الميزان من السموات والأرض وما فيهن